En Argentina su país natal, comenzó su carrera profesional a los 17 años en All Boys en el año 1993, junto a su hermano mellizo Patricio D’Amico. Ya en Primera División Argentina jugó 3 años en Huracán de Corrientes. Luego jugó en Quilmes Athletic Club. Junto a su hermano, ficharon en el Club Deportivo Badajoz de España en el año 1998.
Un año más tarde en 1999 llegó al Lille OSC en Francia, en tres años el Lille consiguió pasar de la segunda división gala a la Liga de Campeones de la UEFA, ese ascenso fulminante solo lo consiguió el Lille en la historia del fútbol francés.
Fernando en su primer año llegó a ganar la estrella de oro France Football para luego triunfar en la Ligue 1, luchando por el título y ser nombrado el mejor mediocentro de la Ligue 1 por el prestigioso diario francés L'Equipe.
Al otro año jugó la Liga de Campeones de la UEFA siendo protagonista contra equipos tan importantes como el Parma, Manchester United, el súper Deportivo la Coruña y el Olympiakos Le Pirée.
Fernando al año siguiente jugó La Europa League de la UEFA eliminando a la Fiorentina en octavos de final y cayendo en cuartos contra el Borussia Dortmund. En su cuarto y último año en el Lille OSC llegó a ser finalista de la Copa Intertoto de la UEFA marcando goles importantes en cuartos de Final contra el Gloria Bistritas de Rumanía y en semifinal contra el Aston Villa.
En 2003 fichó para el Le Mans Union Club 72 logrando marcar el primer gol del club en la historia de la Ligue 1.
En el 2005 viaja hacia España para jugar en Pontevedra CF. Ya en el 2006 viaja a Grecia para en el Ethnikos Asteras y más tarde regresar a España para jugar en el CF Extremadura.
Su último club fue el Club Deportivo Badajoz.
Fue director deportivo del Club Deportivo Badajoz, cargo que ocupó al anunciar su retirada del fútbol en este club en el 2009. El club finalizó la temporada ascendiendo de categoría.
